Ce que tu dois savoir c'est que si tu fais l'installation de Windows depuis cette clé USB en laissant ta machine telle quelle, le boot de Linux va se faire manger tout cru par le boot de Microsoft.
Tu as deux choix disponibles, soit le faire en laissant Linux sur ton SSD ou, soit démonter le SSD de Linux, installer Windows sur ton HDD, remonter ton SSD, démarrer ta machine sur ta distribution et ensuite faire une mise à jour de grub avec le terminal.
Si tu choisis la première solution, il faudra réparer le boot de Linux avec le terminal du pingouin et un ISO de ta distribution.