Personnellement, vu les problèmes auxquels tu es confronté je fais une réinstallation complète en écrasant TOUT.
Pour les jeux, le cloud fourni par les différents gestionnaires (Steam, Ubisoft connect etc.) effectue une sauvegarde automatique à chaque fois. Tu peux même vérifier en te connectant à ton compte mais tu as raison de doubler en la faisant manuellement.
Pour le reste je suis d'accord, c'est long et pénible.