J'ai déjà constaté des soucis de compatibilité de Windows avec les partitions Linux. Et je ne me suis jamais aventuré à réinstaller Windows par-dessus ce type de multiboot. À lire les témoignages sur le Net, c'est une opération qui cause souvent des ennuis. Donc j'ai toujours commencé par installer les plus vieilles versions de Windows avant d'installer les plus récentes, puis finir par Linux.
Pour le reste, peut-être fallait-il tout simplement débrancher les 3 autres disques et laisser tout le disque en partition non-allouée, sans forcément remettre le disque en MBR. Ou alors, peut-être que la sélection automatique du mode BIOS choisissait "Legacy" et que du fait, le média d'installation ne voulait que du MBR (alors que le disque était en GPT)…
Voilà mon ressenti, mais vu les seules données que j'ai, je ne suis sûr de rien, désolé.